市直机关下属单位科级干部一般不可以有公司，这通常是不合规不合法的。下面我来详细解释这一结论：

法规依据

根据《中华人民共和国公务员法》的相关规定，公务员必须遵守纪律，不得从事或者参与营利性活动，不得在企业或者其他营利性组织中兼任职务。市直机关下属单位的科级干部，作为公职人员，同样受到这些规定的约束。

具体分析

1. 身份性质：科级干部作为公职人员，其身份具有特殊性，他们承担着公共管理的职责，应当全心全意为人民服务，而不是追求个人利益。

2. 职责冲突：如果科级干部同时拥有公司，可能会产生职责上的冲突。例如，在处理与公司相关的公务时，他们可能会因为个人利益而偏袒公司，损害公共利益。

3. 廉洁要求：公职人员需要保持廉洁自律，不得利用职权谋取私利。拥有公司可能会引发腐败行为，如利用职权为公司谋取不正当利益等。

特殊情况

当然，也存在一些特殊情况。例如，如果科级干部在任职前已经拥有公司，并且符合相关规定（如已经进行财产申报、得到组织批准等），那么他们可能可以在一定条件下继续持有公司股份或担任公司职务。但这种情况需要具体问题具体分析，并且必须严格遵守相关法律法规和纪律要求。

法律建议

对于市直机关下属单位的科级干部来说，为了避免违规违纪行为的发生，最好不要拥有公司或参与营利性活动。如果确实有特殊情况需要处理与公司相关的事务，应当及时向组织报告并寻求指导。同时，也要加强自我约束和监督，确保自己的行为符合法律法规和纪律要求。

综上所述，市直机关下属单位科级干部一般不可以有公司，这是为了维护公职人员的廉洁性和公正性。如果有任何疑问或需要进一步了解相关法律法规和纪律要求，请直接向我咨询。