案件重大瑕疵的分类可能因不同的法律环境、司法实践或具体规定而有所差异。然而，从一般意义上来说，案件重大瑕疵可以归纳为以下三类：

一、程序性瑕疵

这类瑕疵主要涉及案件处理过程中的程序问题，如违反法定程序、遗漏必要步骤或未按规定执行等。例如，在侦查、起诉、审判等阶段，若未依法履行告知义务、未按规定送达法律文书、未依法进行听证或辩论等，都可能构成程序性瑕疵。这些瑕疵可能影响到案件的公正性和合法性，因此被视为重大瑕疵。

二、实体性瑕疵

实体性瑕疵主要涉及案件的事实认定、证据采集和审查判断等方面。这类瑕疵可能包括证据收集不全面、证据审查不严格、事实认定错误或遗漏关键事实等。例如，在证据收集过程中，若存在刑讯逼供、非法取证或证据伪造等行为，或者对关键证据的审查判断存在明显错误，都可能导致案件实体上的瑕疵。这些瑕疵直接影响到案件的真实性和公正性，因此也被视为重大瑕疵。

三、法律文书瑕疵

法律文书是案件处理过程中不可或缺的一部分，包括起诉状、答辩状、判决书、裁定书等。法律文书瑕疵可能涉及文书的格式、内容、表述或签名等方面。例如，文书格式不符合规定、内容表述不清或存在错别字、遗漏必要信息、签名不真实或不合规等。这些瑕疵虽然可能不影响案件的核心事实和证据，但会损害法律文书的严肃性和权威性，因此也被视为重大瑕疵。

综上所述，案件重大瑕疵一般可以分为程序性瑕疵、实体性瑕疵和法律文书瑕疵三类。这些瑕疵都可能对案件的公正性和合法性产生不良影响，因此需要得到高度重视和及时纠正。在具体司法实践中，应根据相关法律法规和司法解释的规定，对瑕疵案件进行准确界定和分类处理。