农业农村局对水产养殖污染可以进行行政处罚。具体分析如下：
法律依据：
- 虽然《兽药管理条例》第七十四条明确规定了水产养殖中的兽药使用、兽药残留检测和监督管理以及水产养殖过程中违法用药的行政处罚，由县级以上人民政府渔业主管部门及其所属的渔政监督管理机构负责。但这并不排除农业农村局在其他相关法律法规的授权下，对水产养殖污染进行行政处罚的可能性。
- 实际上，农业农村局作为负责农业农村工作的政府部门，其职责范围广泛，包括农业生态环境保护等。在发现水产养殖存在污染行为时，农业农村局有权依据相关法律法规进行行政处罚。
实践案例：
- 以河南省农业农村厅发布的养殖水产品质量安全风险隐患警示信息公示为例，该公示中明确提到，农业综合执法机构对水产养殖生产单位进行了执法检查，并对存在违法行为的水产养殖生产单位依法作出了行政处罚。这表明农业农村局（或其下属的执法机构）在实际工作中确实对水产养殖污染进行了行政处罚。
行政处罚的合法性：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在发现违法行为时，有权依法进行行政处罚。只要农业农村局在行政处罚过程中遵循了法定程序，确保了行政处罚的合法性、公正性和合理性，那么其对水产养殖污染的行政处罚就是合法的。
综上所述，农业农村局对水产养殖污染可以进行行政处罚。这是基于其职责范围、相关法律法规的授权以及实际工作中的实践案例所得出的结论。如果在水产养殖过程中存在污染行为，农业农村局有权依法进行处罚，以维护农业生态环境和公共利益。