如果银行卡与案件有关，但存款与案件无关，一般不会直接冻结存款。具体分析如下：

一. 存款冻结的前提

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十九条，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务时，人民法院才有权查询、扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产，且这些财产应与被执行人应当履行的义务相关。

二. 冻结存款的具体情形

• 冻结存款通常发生在被执行人未履行法律义务，且该存款被视为可用于履行义务的财产时。
• 如果存款与案件无关，即不属于被执行人应履行的义务范围，那么人民法院一般不会对该存款进行冻结。

三. 冻结决定的告知

• 根据《中华人民共和国行政强制法》第三十一条，如果行政机关决定冻结存款，必须在三日内向当事人交付冻结决定书，并明确告知冻结的理由、依据、期限等信息。

综上所述，如果银行卡与案件有关，但存款确实与案件无关，且被执行人没有未履行的法律义务，那么该存款一般不会被冻结。不过，具体情况还需根据案件的具体情况和法院的判断来确定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。