针对您单位土地出租已被承租人转租成事实的情况，签订双方的补充协议需要谨慎处理，以确保协议的合法性和有效性。以下是我为您提供的建议：

1. 明确双方主体：

   • 首先，确保协议中明确列出出租方（您的单位）和承租方（原承租人）的基本信息，包括名称、地址、联系方式等。

2. 确认转租事实：

   • 在补充协议中，应明确确认承租人已将土地转租给第三方的事实，包括转租的具体范围、期限、租金等关键条款。

3. 约定转租条件：

   • 双方应就转租的条件进行详细约定，如转租是否需要出租方事先同意、转租期限是否有限制、转租租金如何分配等。

4. 明确权利义务：

   • 补充协议应明确出租方和承租方在转租关系中的权利和义务，包括但不限于租金支付、土地维护、违约责任等。

5. 法律合规性审查：

   • 确保补充协议的内容符合相关法律法规的规定，特别是关于土地租赁和转租的法律条款，以避免因违法而导致协议无效。

6. 争议解决机制：

   • 在补充协议中约定争议解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼等方式，以便在发生纠纷时能够迅速有效地解决。

7. 正式签署与备案：

   • 补充协议应由双方正式签署，并建议进行公证或备案，以增强其法律效力。

在签订补充协议之前，建议您对协议内容进行全面审查，并咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。如果您在签订过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。