当柜员取到涉案资金时，应严格按照法律法规和金融机构的内部规定进行处理。以下是一个清晰、详细且有深度的处理流程：

首先，柜员在发现涉案资金的那一刻起，就承担起了配合司法机关调查的责任。这是根据刑事诉讼法的规定，任何单位与个人在发现有犯罪事实或犯罪嫌疑人时，都有权利和义务向公安机关、人民检察院或人民法院进行报案或举报。因此，柜员应立即停止所有与涉案资金相关的操作，并确保资金不被转移或隐匿。

接下来，柜员需要立刻向上级领导进行汇报，详细说明发现涉案资金的情况，包括资金金额、来源、交易记录等关键信息。同时，应依照金融机构内部的合规流程，对涉及的资金进行冻结或其他必要的控制措施，以防止资金流失或被非法使用。

在配合司法机关调查的过程中，柜员应如实提供所有相关信息和证据，包括交易记录、监控录像等。这些信息和证据对于司法机关追查犯罪、挽回损失至关重要。

此外，柜员还应时刻保持警惕，确保自身行为符合法律法规要求。如果明知是涉案资金而故意窝藏、转移或进行其他非法处理，将可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪等相关罪名，面临严重的法律责任。

总之，当柜员取到涉案资金时，应冷静应对、迅速行动，配合司法机关展开调查，并严格遵守金融机构的内部规定和法律法规要求。这样才能确保资金安全、维护金融秩序，并保护自身免受法律追究。