《渔业港航监督行政处罚规定》并未废止。虽然该规定是2000年由农业部发布的（农业部令第34号），并且在后续的法规更新中，如2022年修订的《渔业行政处罚规定》（农业农村部令2022年第1号），并未直接提及《渔业港航监督行政处罚规定》的废止情况，同时在相关的行政法规和部门规章中仍然有引用到该规定的相关条款，这表明它依然在某些方面具有法律效力。

然而，由于法律法规可能会随着时间的推移和实际情况的变化而进行调整或更新，建议在实际应用时，最好查阅最新的法律法规数据库或咨询相关法律专业人士，以确保所引用的法律条款是最新的、有效的。同时，对于具体的渔业港航监督行政处罚案件，也应根据最新的法律法规和实际情况进行具体分析和处理。