《中华人民共和国渔港水域交通安全管理条例》是行政法规。以下是对该问题的详细解答：

首先，从该条例的发布和修订历程来看，它最初于1989年5月5日由国务院第40次常务会议通过，并于1989年7月3日以中华人民共和国国务院令第38号发布。此后，该条例还根据2011年1月8日《国务院关于废止和修改部分行政法规的决定》进行了修订。这一发布和修订历程表明，《中华人民共和国渔港水域交通安全管理条例》是由国务院制定并发布的，具有行政法规的法律效力。

其次，从该条例的内容来看，它明确规定了渔港水域交通安全管理的各项制度、措施和要求，包括渔港和渔港水域的定义、渔政渔港监督管理机关的职责、船舶进出渔港的规定、渔港内船舶的行为规范、危险货物的装卸管理、渔港内设施的建设和施工作业管理、渔业船舶的交通事故调查处理等。这些规定都是对渔港水域交通安全进行具体规范和管理的行政法规内容。

综上所述，《中华人民共和国渔港水域交通安全管理条例》是由国务院制定并发布的行政法规，具有行政法规的法律地位和效力。该条例的制定和实施，对于保障渔港水域的交通安全、维护渔业生产秩序、保护渔业资源和渔民生命财产安全具有重要意义。