城市综合执法要求办理排污许可证是合法的，这一要求基于国家相关的法律法规。具体来说：

首先，根据《城镇排水与污水处理条例》（国务院令第641号）的规定，从事工业、建筑、餐饮、医疗等活动的企业事业单位、个体工商户（排水户）向城镇排水设施排放污水的，应当向城镇排水主管部门申请领取污水排入排水管网许可证。这表明，对于特定类型的排水户，办理排污许可证是法律明确规定的义务。

其次，《城镇污水排入排水管网许可管理办法》（住建部令第56号）也进一步明确了排水户需要按照国家规定申请领取排水许可证，未取得排水许可证的排水户不得向城镇排水设施排放污水。这一办法为排污许可证的办理提供了具体的操作依据。

此外，排污许可证的办理不仅限于城镇排水与污水处理领域，还广泛适用于其他可能产生污染物的排放行为。根据排污许可制度，生态环境主管部门通过发放排污许可证，依法依规规范和限制排污行为，明确环境管理要求，并依据排污许可证对排污单位实施监管执法。

因此，无论是从城镇排水与污水处理的特定角度，还是从更广泛的环境保护角度，城市综合执法要求办理排污许可证都是合法的，并且这一要求有助于规范排污行为，保护环境和公众健康。对于需要办理排污许可证的排污单位来说，应当积极响应法律要求，按照相关规定和程序办理许可证，确保自身的排污行为合法合规。