结论前置：农业信用卡逾期后重新办卡，是否会自动划扣取决于多种因素，包括是否签订了自动还款协议、银行政策以及是否获得法院执行许可等。
未签订自动还款协议且银行未获法院执行许可：
- 在这种情况下，银行通常不会直接从新办理的农业银行卡中扣款来偿还逾期的信用卡欠款。因为银行在未经持卡人授权或未获得法律许可的情况下，是无权直接划转储户其他银行账户内的资金的。
已签订自动还款协议：
- 如果持卡人在办理新卡时，与银行签订了自动还款协议，那么当信用卡逾期后，银行有权按照协议规定从这张新卡中扣除相应款项来偿还信用卡欠款。这是基于双方签订的自动还款协议进行的，是合法且合规的。
银行获得法院执行许可：
- 当信用卡逾期情况严重，且银行已经通过法律途径追讨欠款并获得法院的执行许可时，银行有权从持卡人名下包括新办理的银行卡在内的所有账户中划扣资金来偿还信用卡欠款。
建议与注意事项：
- 在办理新卡时，应仔细阅读相关条款和协议，特别是关于自动还款和授权扣款的部分，以确保自己的权益得到保障。
- 如果信用卡已经逾期，建议尽快与银行协商处理还款问题，以避免可能的法律风险和财务损失。
- 如发现自己的新卡被无故扣款，应及时向银行咨询并寻求法律援助。
综上所述，农业信用卡逾期后重新办卡是否会自动划扣并非一成不变，而是取决于具体的情况和条件。因此，在处理此类问题时，建议持卡人保持谨慎并充分了解相关法律法规和银行政策。