针对擅自闯入厂区进行所谓的检查这一行为，处理方式需根据具体情况及可能涉及的法律后果来综合考量。以下是我作为律师给出的专业建议：

1. 明确行为性质与法律责任：

   • 擅自闯入厂区，可能构成非法侵入他人住宅或单位场所的违法行为，依据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规，可面临行政处罚，如罚款、拘留等。
   • 若闯入者在进行所谓检查过程中，造成厂区财物损坏或人员伤害，还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。

2. 立即采取措施制止并报警：

   • 发现擅自闯入者，厂区安保人员或工作人员应立即上前制止，并要求其离开。
   • 同时，应第一时间报警，由警方介入处理，以确保厂区秩序与安全。

3. 收集证据并保留记录：

   • 厂区应安装监控设备，确保全覆盖，以便在发生此类事件时能够迅速调取监控录像作为证据。
   • 对于闯入者的行为，包括闯入时间、地点、行为方式等，应详细记录并保留相关证据，以备后续法律程序使用。

4. 依法追究法律责任：

   • 根据闯入者的行为性质与后果，厂区可依法向其追究法律责任。
   • 若构成犯罪，应积极配合警方调查，并提供相关证据材料，以支持刑事诉讼的进行。
   • 若仅构成民事侵权，厂区可考虑通过法律途径要求其承担赔偿责任。

5. 加强厂区安全管理：

   • 此次事件后，厂区应加强对入口的管理，严格访客登记制度，防止类似事件再次发生。
   • 同时，应加强对员工的培训，提高员工的安全意识与应对突发事件的能力。

综上所述，擅自闯入厂区进行所谓的检查是一种违法行为，厂区应依法采取措施制止并报警，同时收集证据并保留记录，以便后续依法追究闯入者的法律责任。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。