即使被确认成违法建筑但不处罚，相关部门也应当告知事实与理由和依据。以下是具体的分析：
在行政执法过程中，无论是否对违法建筑进行处罚，行政机关都应当遵循一定的程序规定，其中之一就是告知义务。告知义务是行政机关在作出行政行为时，必须向行政相对人说明作出该行政行为的事实、理由及依据，这是行政程序公正、公开原则的重要体现。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的规定，行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。即使最终决定不进行处罚，这一告知义务仍然存在。
程序公正：
- 告知事实与理由和依据是程序公正的重要组成部分。它要求行政机关在作出任何影响行政相对人权益的行政行为时，都必须向相对人说明行为的根据、理由，以保障相对人的知情权、陈述权和申辩权。
行政效率与透明度：
- 虽然告知义务可能会增加行政机关的工作量，但它也是提高行政效率和透明度的重要手段。通过告知，可以使行政相对人更加理解行政机关的决策过程，减少误解和猜疑，从而增强行政机关的公信力和执行力。
实际案例：
- 在实践中，即使违法建筑不被处罚，行政机关也通常会向当事人发出《违法建筑认定书》或类似文件，其中会载明违法建筑的事实、理由及依据。这是行政机关履行告知义务的具体体现。
综上所述，即使被确认成违法建筑但不处罚，相关部门也应当履行告知义务，向行政相对人说明作出该认定的事实、理由及依据。这是行政程序公正、公开原则的要求，也是保障行政相对人合法权益的重要举措。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。