不合法。判决书明确车辆归儿子所有，且已经过户，那么车辆的所有权就已经转移给了儿子。在此情况下，执行员允许原车主开走车辆是不合法的，因为这侵犯了新车主（儿子）的财产权。

分析说明：

1. 所有权转移：根据法律规定，车辆过户即意味着所有权从原车主转移到了新车主。判决书明确车辆归儿子所有，且已经完成了过户手续，那么儿子就是该车辆的合法所有人。
2. 执行员的权限：执行员在执行过程中，应当严格遵守法律程序和判决内容。在车辆已经过户给儿子的情况下，执行员无权再允许原车主开走车辆。
3. 侵权后果：如果执行员允许原车主开走车辆，这将构成对新车主（儿子）财产权的侵犯。新车主可以依法追究相关责任人的法律责任，包括要求恢复原状、赔偿损失等。

法律建议：

• 如果遇到这种情况，新车主（儿子）应当及时向执行法院反映情况，要求纠正执行员的错误行为。
• 如果执行员的行为给新车主造成了损失，新车主可以依法向法院提起诉讼，要求赔偿损失。
• 在整个过程中，新车主应当保留好相关证据，如判决书、过户手续、执行员允许原车主开走车辆的证据等，以便在必要时维护自己的合法权益。

总之，判决书明确车辆归儿子所有且已经过户后，执行员允许原车主开走车辆是不合法的。新车主应当及时采取措施维护自己的合法权益。