保险公司将商业险赔偿金额计入交强险内进行赔偿是违规的。下面我为您详细解释：

1. 交强险与商业险的性质区别：

   • 交强险是强制性的机动车交通事故责任保险，其赔偿范围和限额由法律明确规定，主要用于赔偿交通事故中受害人的损失。
   • 商业险则是车主自愿购买的保险，包括车辆损失险、第三者责任险等，其赔偿范围和限额由保险合同约定。

2. 赔偿范围与限额的不同：

   • 交强险的赔偿范围包括死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿、财产损失赔偿等，且各项赔偿均有明确的限额。
   • 商业险的赔偿范围则根据保险合同的约定，可能包括车辆自身的损失、第三者损失等，赔偿限额也由合同双方约定。

3. 违规操作的后果：

   • 保险公司将商业险赔偿金额计入交强险内进行赔偿，违反了交强险和商业险的区分原则，可能损害被保险人的合法权益。
   • 此种违规操作可能导致交强险的赔偿限额被不当使用，进而影响交强险对受害人的正常赔偿。
   • 保险公司还可能因此面临监管部门的处罚，包括罚款、停业整顿等。

综上所述，保险公司将商业险赔偿金额计入交强险内进行赔偿是违规的，这种操作不仅违反了交强险和商业险的区分原则，还可能损害被保险人和受害人的合法权益。如果您遇到此类问题，建议及时向保险公司提出异议，并咨询专业律师以维护自己的合法权益。