当您遇到对方在签署协议后不承认其关联性的情况时，可以采取以下步骤来处理：
一、审视协议的形式与内容
检查书面协议：
- 确认协议是否具备书面形式，并且双方是否都已签字或盖章。
- 书面协议在证明力上相对较强，是处理争议的重要依据。
核查协议条款：
- 仔细阅读协议内容，特别是关于双方权利、义务及违约责任的条款。
- 确认协议中是否明确规定了关联性或相关交易的细节。
二、收集证据来佐证协议
相关证据：
- 收集与协议履行相关的聊天记录、邮件往来、转账记录、交付凭证等。
- 这些证据能够从侧面印证协议的真实性及其关联性。
证人证言：
- 如果可能，找到当时在场的证人，他们的证言可以支持协议的存在和履行情况。
视听资料：
- 如果有录音、录像等视听资料反映协议达成的过程，也可以作为有力证据。
三、通过法律途径解决
协商不成时考虑诉讼：
- 如果与对方协商无果，可以考虑向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要积极举证，证明协议的存在、关联性以及对方应承担的责任。
司法鉴定：
- 如果对方对协议上的签名或笔迹有异议，可以申请进行司法鉴定。
- 司法鉴定结果能够增强证据的证明力，有助于维护您的合法权益。
四、注意事项
保存证据：
- 在整个过程中，务必妥善保存所有相关证据，确保证据的合法性、关联性和真实性。
及时行动：
- 不要拖延时间，尽快采取行动来维护自己的权益。
- 法律程序可能需要一定时间，因此及早准备并启动程序是明智的。
专业咨询：
- 如果情况复杂或您不确定如何操作，建议咨询专业律师或法律机构。
- 他们能够提供更具针对性的建议和帮助。
综上所述，处理对方不承认协议关联性的情况需要您从多个方面入手，包括审视协议内容、收集证据、通过法律途径解决等。希望这些建议能够对您有所帮助。