针对您提出的“土地确权证后因争纠纷有关部门不肯出证明怎么办”的问题，我可以从以下几个方面为您提供建议：
结论前置
当土地确权证后因争议导致有关部门不肯出具证明时，您可以先尝试与相关部门进行沟通协调，明确其拒绝出具证明的具体原因，并依据原因采取相应的法律措施，如申请行政复议、提起行政诉讼或寻求其他法律途径解决。
具体建议
沟通协调：
- 首先，建议您与拒绝出具证明的部门进行沟通，了解其拒绝的具体原因，是否是因为材料不全、程序不当还是其他原因。
- 如果是因为材料或程序问题，您可以按照部门的要求进行补充或修正，然后再次申请。
申请行政复议：
- 如果沟通无果，您认为部门的拒绝行为没有法律依据或违反了相关法律法规，您可以向上一级行政机关申请行政复议。
- 复议机关会对您的申请进行审查，并作出复议决定。如果复议决定支持您的请求，那么相关部门应当履行出具证明的职责。
提起行政诉讼：
- 如果行政复议未能解决问题，您还可以选择向人民法院提起行政诉讼。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明自己的合法权益受到了侵害，以及部门的拒绝行为是违法的。
- 法院会对案件进行审理，并作出判决。如果判决支持您的诉讼请求，那么相关部门应当履行相应的职责。
寻求其他法律途径：
- 除了上述途径外，您还可以考虑向相关部门或机构的投诉渠道进行投诉，或者寻求法律援助机构的帮助。
- 这些途径可能为您提供更多的解决纠纷的机会和方式。
注意事项
- 在整个过程中，建议您保持冷静和理性，避免采取过激的行为或言辞。
- 您可以咨询专业的律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和帮助。
- 请确保您的所有行为都符合法律法规的要求，以免给自己带来不必要的法律风险。
希望以上建议能够对您有所帮助。如果您在解决此问题的过程中遇到任何困难或疑问，都可以直接向我咨询。