保险公司直接将理赔第三方电瓶的医药费、误工费抵扣机动车修车费用，这一行为可能涉及违法。下面我将从几个角度对此进行分析：

1. 合同约定与法律规定：

   • 保险公司在处理理赔时，应严格按照保险合同中的约定以及相关法律法规进行操作。
   • 如果保险合同中未明确允许保险公司可以直接将第三方理赔费用抵扣修车费用，那么保险公司的这一行为可能违反了合同约定。
   • 同时，根据相关法律规定，保险公司应公平、公正地处理理赔事宜，不得损害被保险人的合法权益。

2. 理赔流程与原则：

   • 保险公司通常有一套完整的理赔流程，包括接收报案、查勘定损、核赔等步骤。
   • 在理赔过程中，保险公司应分别对第三方的损失和被保险人的损失进行核定，并按照合同约定进行赔付。
   • 将第三方理赔费用直接抵扣修车费用，可能打乱了正常的理赔流程，违反了理赔原则。

3. 被保险人权益保护：

   • 被保险人在购买保险时，期望在发生保险事故时能够得到及时、足额的赔付。
   • 保险公司的抵扣行为可能导致被保险人无法及时获得应有的赔偿，从而损害了被保险人的合法权益。

4. 监管要求与法律责任：

   • 保险公司作为金融机构，受到银保监会的严格监管。
   • 如果保险公司的行为违反了监管要求或相关法律法规，可能会面临行政处罚或法律责任。

综上所述，保险公司直接将理赔第三方电瓶的医药费、误工费抵扣机动车修车费用，这一行为可能违反了合同约定、法律规定以及理赔原则，并可能损害被保险人的合法权益。因此，建议你在遇到此类情况时，及时向保险公司提出异议，并要求其按照合同约定和法律规定进行处理。如果问题无法得到解决，你可以考虑向银保监会投诉或寻求法律援助。