在医疗纠纷等法律事务中，医院作为被告时，其名称的确定应以其《医疗机构执业许可证》上登记的名称为准。这一结论基于以下理由：

1. 法律依据：

   • 《医疗机构执业许可证》是医院合法执业的法定凭证，该证书上登记的名称具有法定性和公示性，代表了医院合法的主体身份。
   • 使用《医疗机构执业许可证》上的名称作为被告，可以准确地界定责任主体，避免主体混乱和纠纷的产生，符合法律法规的要求。

2. 实际操作考虑：

   • 在诉讼过程中，法院需要依据准确的被告信息来开展审判工作，包括名称、住所等。
   • 使用《医疗机构执业许可证》上的名称，可以确保诉讼活动的顺利进行，避免因名称不一致而导致的混淆和误差，提高司法效率，保障当事人的合法权益。

综上所述，医院作为被告时，应当以其《医疗机构执业许可证》上登记的名称为准。这一做法不仅符合法律法规的要求，也体现了对司法程序的尊重和对当事人权利的有效维护。如果你在此类问题上还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。