缴纳补偿金后，单位不可以撤销自动离职证明。下面我来详细解释一下这个问题：

首先，我们要明确“自动离职证明”的性质。自动离职证明是用人单位在员工离职时出具的一种证明文件，它记录了员工的离职时间、离职原因等基本信息，是员工离职后办理相关手续（如领取失业保险金、办理社保转移等）的重要依据。

接下来，我们分析“缴纳补偿金”与“自动离职证明”之间的关系。缴纳补偿金通常是用人单位与员工之间就某种劳动争议（如经济补偿、工伤赔偿等）达成和解或执行仲裁、判决结果的一种行为。它本身与自动离职证明没有直接的必然联系。也就是说，缴纳补偿金是解决劳动争议的一种方式，而自动离职证明是员工离职时的一个证明文件，两者在性质和功能上是不同的。

那么，缴纳补偿金后，单位是否可以撤销自动离职证明呢？从法律角度来看，自动离职证明一旦出具，就具有了一定的法律效力。它不仅是员工离职的证明，也是员工后续办理相关手续的依据。因此，用人单位不能随意撤销或更改自动离职证明的内容。即使双方就劳动争议达成了和解或执行了仲裁、判决结果，也不能作为撤销或更改自动离职证明的理由。

综上所述，缴纳补偿金后，单位不可以撤销自动离职证明。如果员工对自动离职证明的内容有异议，可以通过与用人单位协商或向相关部门投诉等方式来维护自己的合法权益。