针对你提出的问题，即“在公司干了两年员工因高利贷非法经营怎么处理”，这里有几个核心点需要明确和探讨：

1. 员工个人行为的法律责任：

   • 首先，高利贷非法经营是违反我国法律法规的行为，涉及刑事责任和行政责任。员工个人若因此被查处，将面临法律的制裁，包括但不限于罚款、有期徒刑等。
   • 公司作为雇主，通常不对员工的个人非法行为承担法律责任，除非公司明知或应知员工在从事非法活动，并为其提供了支持或便利。

2. 公司对员工的处理：

   • 公司发现员工涉及高利贷非法经营后，应立即进行内部调查，确认事实真相。
   • 如确认员工存在违法行为，公司可根据内部规章制度，对员工进行相应的纪律处分，如警告、降职、解雇等。
   • 同时，公司应积极配合相关部门的调查，提供必要的协助和信息。

3. 公司风险的防范：

   • 公司应加强对员工的法制教育和培训，提高员工的法律意识，明确告知员工哪些行为是违法的，以及违法的后果。
   • 建立健全内部监管机制，定期对员工的业务活动进行审查和监督，及时发现和纠正违法违规行为。

4. 法律建议：

   • 对于公司而言，如遇到此类问题，建议咨询专业律师，以便更准确地了解法律风险和应对措施。
   • 对于员工个人而言，如面临法律困境，也应尽快寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。

综上所述，员工因高利贷非法经营的处理涉及多个方面，包括员工个人的法律责任、公司对员工的处理以及公司风险的防范。公司作为雇主，应依法依规处理此类问题，并加强内部管理和风险防范。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。