目标公司不能起诉确认某股东不是股东。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 公司法的相关规定：

   • 根据《公司法》及相关司法解释，公司股东身份的确认主要依据股东名册、工商登记、出资证明书等法律文件。
   • 股东与公司之间因股东身份产生的争议，通常通过公司内部程序或诉讼程序解决，但提起诉讼的主体一般是股东本人或利害关系人，而非公司本身。

2. 公司的法律地位与职责：

   • 公司作为法人实体，其职责是维护公司利益，管理公司内部事务，并代表公司对外进行活动。
   • 公司不能主动起诉确认某股东不是股东，因为这涉及到公司内部管理事务和股东权益的分配，应由股东或利害关系人通过合法途径解决。

3. 股东身份争议的解决途径：

   • 如果某股东的身份存在争议，可以通过公司内部程序（如股东会决议、董事会决议等）进行确认或纠正。
   • 如果公司内部程序无法解决争议，股东或利害关系人可以依法向人民法院提起诉讼，请求确认或否认股东身份。

4. 特殊情况说明：

   • 在某些特殊情况下，如公司被恶意侵占或股东身份被冒用等，公司可能作为受害人参与相关诉讼，但这不是公司主动起诉确认某股东不是股东的情况。

综上所述，目标公司不能起诉确认某股东不是股东。如果股东身份存在争议，应通过公司内部程序或诉讼程序由股东或利害关系人依法解决。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。