当个体工商户的开票金额超过核定税额时，税务处理的方式主要取决于其征收方式，即查账征收还是定期定额征收。以下是针对这两种征收方式的详细税务处理指南：

一、查账征收方式

在查账征收方式下，个体工商户的税款是根据其提供的账表所反映的经营情况来计算的。因此，当开票金额超过核定税额时，并不影响其交税方式。个体工商户仍需按照实际收入、成本和费用进行会计核算，并据此进行纳税申报。

具体来说，个体工商户需要：

1. 准确核算超出定额部分的销售额。
2. 根据业务类型确定适用的增值税税率，并计算应缴纳的增值税额。
3. 如果有其他附加税费，如城市维护建设税、教育费附加等，也需按照相应规定计算并缴纳。
4. 在规定的纳税申报期内，通过电子税务局或前往办税服务厅进行纳税申报，并缴纳相应税款。

二、定期定额征收方式

在定期定额征收方式下，税务机关会依规定程序核定个体工商户在一定时期内的应纳税经营额及收益额，并据此确定其应缴纳的税款。当个体工商户的实际经营额超过核定时，税务处理如下：

1. 如果实际经营额超过核定但未达到当地规定的幅度（如20%～30%），那么在下次申报时，税务机关会调整其定额。但本次仍需按照核定的税额进行缴税。
2. 如果实际经营额超过核定且达到或超过当地规定的幅度，那么个体工商户需要主动向税务机关申报并调整其定额。此时，个体工商户需按照实际经营额来计算并缴纳税款。

无论是哪种征收方式，个体工商户在开票超过核定税额时，都需要确保及时、准确地进行纳税申报和税款缴纳，以避免潜在的税务风险。如果有任何疑问或困惑，建议咨询专业的税务人员或律师以获取详细和准确的解答。