如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，那么通常情况下是不会留下案底的。

在涉及交通肇事罪的案件中，案底一般指的是某人过去犯法或犯罪行为的正式记录。当检察院作出不起诉决定时，这通常意味着犯罪嫌疑人不会被判定有罪，因此也就不会留下犯罪记录。检察院的不起诉决定可能基于以下几种情形，并且这些情形下都不会留下案底：

1. 法定不起诉（绝对不起诉）：

   • 不起诉原因包括情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等。
   • 由于这些情形下行为本身不被认定为犯罪，因此不会留下案底。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）：

   • 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
   • 尽管行为在事实上构成了犯罪，但由于情节轻微且检察院考虑刑事政策和司法效益等作出不起诉决定，因此不会留下案底。

3. 存疑不起诉（证据不足不起诉）：

   • 对于补充侦查后仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，检察院会作出不起诉决定。
   • 由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下案底。

值得注意的是，尽管检察院的不起诉决定通常不会留下正式的犯罪记录，但相关司法机关可能会保留一些与案件有关的内部管理和监督材料。这些材料不对外公开，也不会对个人的日常生活产生负面影响。

综上所述，如果检察院对交通肇事罪决定不起诉，无论是基于哪种原因，通常情况下都不会留下案底。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。