检察院不起诉并不意味着一定没有案底，具体是否留下案底需根据案件的具体情况和不起诉的原因来判断。以下是对这一问题的详细分析：
法定不起诉（绝对不起诉）
- 情形：根据《刑事诉讼法》的相关规定，若犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或者撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，人民检察院应作出不起诉决定。
- 对案底的影响：在这种情况下，被不起诉人被视为无罪或依法不应被追究刑事责任，因此不会留下案底。案底通常指犯罪记录，既然未认定犯罪，自然无案底可言。
酌定不起诉（相对不起诉）
- 情形：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的案件，人民检察院可作出不起诉决定。这通常涉及自首、立功、犯罪预备、犯罪中止等从轻、减轻或免除处罚的情节。
- 对案底的影响：虽然法律上酌定不起诉并非判定有罪，但实践中部分地区记录系统可能留存相关案件信息。然而，这并不属于正式犯罪记录意义上的案底。在多数需要开具无犯罪记录证明的场合，能够正常开具。但值得注意的是，部分地区对于符合特定条件的酌定不起诉案件，可能会探索进行案底封存等特殊处理方式，以减少对当事人的不利影响。
证据不足不起诉（存疑不起诉）
- 情形：对于二次补充侦查后仍认为证据不足、不符合起诉条件的案件，人民检察院应作出不起诉决定。
- 对案底的影响：若后续无新证据证明犯罪嫌疑人构成犯罪，则此不起诉不构成犯罪记录，即无案底。但若未来发现新证据足以证明犯罪，检察院可能重新提起公诉，若被判定有罪则会留下案底。
其他注意事项
- 即使不起诉决定本身不留下案底，相关记录仍可能被保存在公安机关、检察院等部门档案中。这些记录虽非正式刑事案底，但在特定情况下可能被查阅，例如在涉及某些职业资格申请、出国签证等场合，可能需要提供相关证明或说明情况。
- 不起诉仅意味着不追究刑事责任，并不免除可能的行政责任。若违反《治安管理处罚法》等行政法规，仍可能接受行政处罚，此时通常会留有相应的记录，但这不属于传统意义上的“案底”。
总结与建议：
- 检察院不起诉的决定与是否留下案底并非一一对应。在大多数情况下，特别是法定不起诉和证据不足不起诉的情况下，不会留下正式的刑事案底记录。
- 然而，相关记录仍可能存在，并在特定情况下被查阅。因此，在处理相关事务时，建议根据具体情况咨询我，以获取更准确的法律意见。
- 如果您或您身边的人遇到类似情况，不要轻视不起诉决定可能带来的长远影响，及时了解并妥善处理相关记录问题是非常重要的。