关于“不包邮已发货退款是否会扣运费”的问题，这主要取决于买卖合同的具体约定以及退货的原因。以下是我根据不同情况给出的详细解答：

1. 合同约定明确：

   • 如果买卖合同中明确规定了退货时运费的处理方式，那么应当按照合同约定的条款执行。例如，合同中可能规定，如果是因为买家原因退货，运费由买家承担；如果是因为卖家原因（如商品质量问题）退货，运费由卖家承担。

2. 合同未明确约定：

   • 在合同没有明确约定的情况下，通常需要双方协商处理。一般来说，如果是因为买家个人原因（如不喜欢、买错了等）要求退货，且商品没有质量问题，那么运费往往由买家承担。
   • 如果是因为卖家原因（如发错货、商品与描述不符等）导致退货，那么运费应当由卖家承担。

3. 特殊规定或平台政策：

   • 在某些电商平台购物时，平台可能会有自己的退货政策，这些政策可能会规定运费的处理方式。例如，有的平台可能提供“七天无理由退货”服务，并规定在这种情况下运费由买家承担；而有的平台则可能规定，因卖家原因导致的退货，运费由卖家承担。

4. 已发货但未签收的情况：

   • 如果商品已经发货但买家还未签收，此时要求退货并退款，运费的扣除情况也需要根据合同或平台政策来确定。一般来说，如果是因为买家原因拒收，运费可能会由买家承担；如果是因为卖家原因（如商品在运输中损坏），则运费应由卖家承担。

综上所述，不包邮已发货退款是否会扣运费并没有一个统一的答案，而是需要根据买卖合同的具体约定、退货的原因以及可能存在的特殊规定或平台政策来确定。因此，在处理这类问题时，建议买家和卖家先查看合同或平台政策中的相关规定，然后再进行协商处理。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。