个人养老金制度中每年缴纳上限为12000元的规定，是从该制度正式推出时开始实施的。具体来说，个人养老金制度是在我国国务院办公厅于2022年4月21日发布的《关于推动个人养老金发展的意见》中明确提出的。而该制度随后在2022年12月15日起在全国全面实施。

因此，个人养老金每年缴纳上限12000元的规定，是从2022年12月15日个人养老金制度全面实施时开始生效的。这一制度旨在为我国劳动者提供一种补充养老保险的方式，通过税收优惠等政策鼓励个人积累养老金，以应对未来的养老需求。