个体工商户与其他公司合作时，涉及的税务问题主要包括增值税、个人所得税等。下面我将为您详细解析：

一、增值税

增值税是对销售货物或者提供应税劳务的单位和个人征收的一种税。对于个体工商户而言，如果其与合作公司之间的交易涉及增值税应税货物或劳务，那么个体工商户需要开具对应税率的增值税发票，并按规定缴纳增值税。

增值税的税率主要有13%、9%和6%，此外还有3%和5%两个征收率。具体税率取决于个体工商户的经营范围和所销售的货物或提供的劳务类型。增值税的计税方式分为一般计税法和简易计税法，个体工商户可以根据自身情况选择合适的计税方式。

纳税期限方面，个体工商户可以按月或按季度缴纳增值税，并在当期终了后的次月15日内完成上一期的纳税申报。

二、个人所得税

个体工商户的投资者作为个人所得税的纳税义务人，需要按照“个体工商户生产、经营所得”缴纳个人所得税。个人所得税的税率分为5级，具体税率和计税方式会根据个体工商户的所得情况而定。

在计算个人所得税时，个体工商户需要扣除各项成本和费用，包括经营过程中发生的成本、费用、税金、损失以及其他支出等。然后，根据剩余的应纳税所得额，按照适用的税率和速算扣除数计算应缴纳的个人所得税。

个人所得税的申报和缴纳通常也是按月或按季度进行预缴，但汇算清缴的期限与增值税不同。纳税人需要在次年的3月30日左右（各地具体时间可能有所不同）完成上年度的个人所得税汇算清缴。

三、其他注意事项

1. 个体工商户在与公司合作时，应确保交易的真实性和合法性，并妥善保管相关凭证和资料，以备税务部门查验。
2. 个体工商户应按时足额缴纳税款，避免产生滞纳金和罚款等不必要的损失。
3. 如果个体工商户对税务问题存在疑问或不确定的地方，可以咨询当地税务部门或专业税务机构，以获取准确的解答和指导。

综上所述，个体工商户与其他公司合作时，需要根据交易情况缴纳增值税和个人所得税，并遵守相关税务规定和申报要求。希望这些信息能对您有所帮助！