在“交管12123”平台处理非本人车辆的违章时，扣分会扣在实际驾驶该车辆并产生违章行为的驾驶人的驾驶证上。但前提是，该驾驶人需要在“交管12123”APP上先对这台非本人名下的机动车进行备案，并且备案审核通过。备案成功后，驾驶人就可以处理这台车辆在备案后所产生的非现场违法行为了。

具体来说，处理流程大致如下：

1. 驾驶人需要在“交管12123”APP上申请备案非本人名下的机动车。这一步是为了确认驾驶人与该车辆之间的关系，以便后续处理违章。

2. 备案申请提交后，系统会进行审核。审核通过后，驾驶人就可以在APP上查看到这台车辆的违章记录了。

3. 驾驶人选择需要处理的违章记录，并按照系统提示进行操作。在处理过程中，系统会要求驾驶人确认违章事实，并选择合适的处理方式（如罚款缴纳、记分处理等）。

4. 如果违章需要记分处理，那么系统会扣除实际驾驶该车辆并产生违章行为的驾驶人的驾驶证上的相应分数。

需要注意的是，一辆机动车最多可以被三个驾驶证备案。同时，处理违章时还需要确保驾驶人的驾驶证状态正常，没有超分或其他异常情况。如果驾驶人对违章有异议，需要提出陈述和申辩的，则需要到交警大队违法处理窗口办理。

总的来说，“交管12123”平台为非本人车辆违章处理提供了便利，但驾驶人在使用过程中仍需注意相关流程和规定，确保处理正确、合规。