使用“交管12123”APP处理违章时，扣分是依据违章行为的性质来决定的，而并非由APP直接决定。APP主要提供了一个在线处理违章的平台，具体的扣分标准还是由交通管理部门根据相关法律法规来制定并执行。

首先，你需要了解哪些违章行为是可以通过“交管12123”APP来处理的。一般来说，APP可以处理本人名下或非本人名下已备案的机动车非现场违法行为，且这些违法行为通常是处警告或200元以下，记分为6分（含）以下罚款的。对于非本人已备案的机动车有记分的非现场违法行为，只允许处理备案日之后发生的。

在处理违章时，你需要按照APP上的提示，选择合适的支付方式完成支付，处理完毕后，相应的扣分和罚款就会按照违章行为的性质进行扣除和缴纳。

然而，也有一些情况是不允许使用“交管12123”APP来处理违章的。比如，如果你的驾驶证具有撤销、吊销、注销、停止使用、逾期未换证、逾期未审验、扣押、扣留、注销可恢复、暂扣、锁定、转出和记满12分等情形，或者非现场违法行为处理后，驾驶证将记满12分，以及属于重点人员（一个记分周期内满分学习3次及以上的驾驶人）等情况，都是不允许通过APP来处理已备案的非本人机动车非现场违法的。

总的来说，“交管12123”APP提供了一个便捷的方式来处理违章，但具体的扣分和罚款还是由交通管理部门根据法律法规来决定。在处理违章时，请务必遵守相关规定，确保自己的驾驶证和车辆处于合法状态。