破产管理人明知是违章建筑还进行拍卖，这一行为可能涉及多重法律责任。下面我将从几个角度详细分析这一问题，并给出相应的建议。
法律责任分析：
- 破产管理人的职责：破产管理人在破产程序中负有管理和处分破产财产的职责，但其行为应遵守法律法规，不得损害债权人、债务人或其他利益相关人的合法权益。
- 违章建筑的性质：违章建筑是指未取得合法建设手续或违反规划建设要求的建筑物，其存在本身即具有违法性。
- 明知故犯的责任：如果破产管理人明知是违章建筑仍进行拍卖，可能构成对法律法规的违反，需承担相应的法律责任，包括但不限于行政责任、民事责任甚至刑事责任。
对拍卖行为的影响：
- 拍卖合同的效力：由于违章建筑的违法性，以其为标的的拍卖合同可能因违反法律法规而无效。这意味着买受人可能无法取得合法的所有权，且面临诸多法律风险和纠纷。
- 买受人的权益保护：买受人若因拍卖违章建筑而遭受损失，有权向破产管理人及相关责任人追究法律责任，要求赔偿损失。
建议与措施：
- 立即停止拍卖：一旦发现拍卖标的为违章建筑，破产管理人应立即停止拍卖行为，避免进一步的法律风险和损失。
- 调查与整改：破产管理人应配合相关部门对违章建筑进行调查处理，并积极采取措施进行整改或拆除，以消除违法状态。
- 法律咨询与援助：买受人或相关利益人若因此遭受损失，应及时咨询专业律师，了解自身权益及维权途径，必要时可提起法律诉讼以维护自身合法权益。
综上所述，破产管理人明知是违章建筑还进行拍卖的行为是违法的，需承担相应的法律责任。建议相关利益人及时采取措施维护自身权益，必要时可寻求专业律师的帮助。