单位更名证明主要由市场主体所属登记机关出具。当单位（市场主体）发生名称变更，并且这一变更涉及营业执照记载事项时，按照《中华人民共和国市场主体登记管理条例》以及《市场主体登记管理条例实施细则》的相关规定，登记机关会为单位换发新的营业执照，并同时出具登记通知书，这份登记通知书就可以作为单位更名的证明。

具体操作流程可能因地区或登记机关的不同而有所差异，因此建议在办理前详细咨询当地的市场主体登记机关，了解具体的办理要求、所需材料以及办理时间等信息。这样不仅可以确保办理过程的顺利进行，还能避免因不了解流程或要求而带来的不必要的麻烦。