当商品房的土地使用年限到期时，处理方式主要依据土地用途的不同而有所区别。以下是针对住宅建设用地和非住宅建设用地（如商业、工业等）的详细解答：
住宅建设用地
自动续期：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，住宅建设用地使用权期限届满的，会自动续期。
- 业主无需主动提出续期申请，土地使用年限会自动延续，以保障居民的居住权益。
费用问题：
- 续期费用的缴纳或者减免，会依照法律、行政法规的规定来办理。
- 具体是否需要缴纳费用以及费用标准，会由相应的法律和行政法规来明确。
非住宅建设用地
续期申请：
- 对于商业、工业等非住宅建设用地，土地使用权到期后，土地使用者需要在届满前一年向土地管理部门提出续期申请。
- 经批准准予续期的，应当重新签订土地使用权出让合同，并依照规定支付土地使用权出让金。
未申请或未获批：
- 若土地使用者未申请续期，或者虽然申请了续期但未获得批准，那么土地使用权将由国家无偿收回。
注意事项
- 在处理土地使用年限到期问题时，建议业主提前了解相关法律法规和政策，以便做出正确的决策。
- 如果遇到土地被收回的情况，对于土地上的房屋及其他不动产，国家会根据相关规定进行补偿。
综上所述，商品房土地使用年限到期后，处理方式因土地用途而异。住宅建设用地会自动续期，业主无需担心；而非住宅建设用地则需要土地使用者提前申请续期，并按照规定支付相关费用。在处理过程中，建议咨询专业律师或相关部门以获取更准确的法律意见和指导。