在涉及员工税收的相关事务中，是否需要填写婚姻状况，主要取决于具体的税收政策和税务申报系统的要求。根据您提供的信息，我们可以得出以下结论：
在自然人电子税务局报送员工的专项附加扣除信息时，如果系统提示“婚姻开始时间不能为空”，这通常意味着在某些情况下，婚姻状况（特别是婚姻开始时间）是必填项。具体来说：
选择有配偶时：如果员工在申报专项附加扣除时选择有配偶，那么婚姻开始时间是必须填写的。这是因为配偶的相关信息可能影响到专项附加扣除的额度和计算方式。
系统优化与更新：自然人电子税务局系统可能已经优化了采集规则，新增了“婚姻开始时间”和“婚姻结束时间”等模块，并且这些模块在某些情况下是必填的。这反映了税务系统对于员工婚姻状况的关注度在提高，以确保税收政策的准确执行和专项附加扣除的合理分配。
避免重复采集：如果员工已经自行通过个人所得税APP采集了专项附加扣除信息，包括婚姻状况等，那么扣缴单位在报送时无需重复采集或修改数据。扣缴单位可以通过自然人电子税务局下载更新获取员工已填报的数据。
综上所述，员工在税收申报中是否需要填写婚姻状况，特别是婚姻开始时间，取决于具体的申报项目和系统要求。在专项附加扣除的申报中，如果员工选择有配偶或系统要求填写婚姻开始时间，则必须提供相应的信息。因此，建议员工在申报税收时仔细阅读相关政策和系统提示，确保准确、完整地填写所有必要的信息。