在工厂上班时，如果同事跑过来打你，这是一件非常严重的事情，需要冷静、理智地处理。以下是一些建议，希望能帮助你妥善应对这种情况：

首先，确保自身安全是最重要的。如果可能，尽快远离暴力现场，避免进一步的冲突和伤害。如果无法避免冲突，尽量保护好自己的头部、胸部等关键部位。

其次，及时报警。无论伤势如何，都应该立即报警，让警方介入调查。报警不仅可以保护你的合法权益，还能为后续的维权提供有力的证据支持。在报警时，尽量提供详细的案发时间、地点、涉事人员以及事情经过等信息。

接下来，寻求医疗救助。即使你觉得伤势不重，也建议去医院进行专业的检查和治疗。有些伤害可能表面看起来不严重，但实际上可能对身体造成了潜在的损害。同时，医疗记录也是后续维权的重要依据。

在报警和就医之后，你可以考虑申请伤情鉴定。如果构成轻伤或轻伤以上，打人者就涉嫌故意伤害罪，依法应被追究刑事责任。如果伤情鉴定为轻微伤，你可以要求民事赔偿，并可以直接向法院起诉要求人身损害赔偿。同时，你也可以要求给予打人者行政处罚。

此外，收集证据也是非常重要的。在事发现场，如果可能的话，用手机或相机记录下整个事件的过程。同时，寻找目击者并留下他们的联系方式，以便后续作为证人。这些证据将有助于你维护自己的权益。

除了法律途径外，你还可以考虑通过调解来解决问题。在调解组织的主持下，与打人者达成和解协议，也是一种解决纠纷的方式。但需要注意的是，调解结果必须双方自愿且合法，不能损害任何一方的合法权益。

最后，如果你觉得自己无法独自面对这个问题或处理过程中的困难，可以寻求专业帮助。比如咨询律师、心理咨询师等专业人士的意见和支持。

总之，面对同事的暴力行为，我们要勇敢站出来维护自己的权益。通过报警、就医、收集证据等合法途径来保护自己，并寻求专业的帮助和支持。同时，也要保持冷静和理智，避免进一步的冲突和伤害。