对于利用职务便利侵占公司财产但达不到刑事案件标准的情况，处理方式主要可以从以下几个方面进行：

首先，单位内部处理是一个重要途径。公司或企业可以依据其内部管理程序和相关规章制度，对涉事人员进行纪律处分。这种处分可以包括警告、罚款、降职、辞退等多种形式，旨在维护单位的管理秩序和纪律性。例如，如果某员工利用职务之便侵占了公司财物，但金额未达到刑事立案标准，公司可以依据内部规定对其给予相应的纪律处分。

其次，发起民事诉讼也是维护单位权益的有效手段。单位可以通过法律途径要求行为人返还侵占的财物及其孳息，并自行收集相关证据，如劳动合同、财物交接记录等，以证明行为人的侵占行为及具体情况。如果行为人的侵占行为给单位造成了经济损失，单位还可以在民事诉讼中要求行为人进行赔偿。这种方式不仅可以在法律框架内维护单位的合法权益，还能有效挽回经济损失。

此外，虽然职务侵占行为未达到刑事案件标准，但根据《治安管理处罚法》的相关规定，对于盗窃等损害公私财物的行为，仍然可以给予一定的治安管理处罚。例如，处五日至十日拘留，并可并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日至十五日拘留，并可并处一千元以下罚款。这种处罚方式可以对行为人起到一定的惩戒作用，维护社会秩序和公共安全。

综上所述，对于利用职务便利侵占公司财产但达不到刑事案件标准的情况，单位可以通过内部处理、发起民事诉讼以及依据《治安管理处罚法》进行处罚等多种方式来维护自身权益和秩序。同时，也建议单位加强内部管理和监督，完善相关规章制度，从源头上预防职务侵占行为的发生。