回迁房与商品房的房产证主要有以下区别：

1. 土地性质不同：

   • 商品房通常是出让土地，土地使用年限一般为70年（根据具体地块和用途可能有所不同）。
   • 回迁房一般是划拨土地，土地使用年限可能较短，且起始时间从回迁交付之日起算。划拨土地的出让金由政府减免，因此价格相对较低。

2. 产权性质差异：

   • 商品房是完全产权，购房者拥有完整的所有权，可以自由买卖、抵押等。
   • 回迁房在取得房产证一定年限内（通常为5年），可能受到限制，不能自由上市交易。需要满足一定条件后才能办理完全产权，进行自由交易。

3. 交易税费不同：

   • 由于产权性质和交易限制的差异，回迁房在交易时可能涉及的税费与商品房不同，如可能需要补缴土地出让金等相关税费。

4. 办证流程及费用：

   • 商品房的办证流程一般较为规范和标准化，费用也相对明确。
   • 回迁房的办证流程可能相对复杂，涉及到回迁安置协议等相关手续，且可能需要缴纳一些额外费用，如土地收益金等。

综上所述，回迁房与商品房的房产证在土地性质、产权性质、交易税费以及办证流程和费用等方面都存在显著差异。这些差异主要源于两者的性质不同以及国家政策的特殊规定。因此，在购买或交易房产时，务必明确房产的性质和相关的权利义务关系，以避免潜在的纠纷和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。