在卖二手车时，如果发现汽车发票丢失，不必过于担心，但需要及时采取行动来补办或找到替代方案。以下是根据您提供的参考信息整合的详细处理指南：
一、明确发票类型
首先，要确定丢失的是哪种类型的发票。如果是二手车交易发票（即上次过户时开具的发票），处理方式与机动车销售统一发票（新车购车发票）会有所不同。
二、二手车交易发票丢失处理
联系原二手车交易市场：
- 前往原二手车交易市场，向市场管理方申请查阅并复印存根联。
- 存根联复印件需经相关部门盖章确认，以增强其法律效力。
与卖家沟通：
- 立即告知卖家发票丢失情况，询问是否能提供发票复印件、电子版或存根联的相关信息。
咨询当地车管所：
- 复印的发票存根联能否替代原件使用，需咨询当地车管所或二手车交易管理部门。
- 根据当地政策要求，准备所需材料办理车辆过户手续。
三、机动车销售统一发票丢失处理
联系原销售经销商：
- 说明发票丢失情况，请求提供发票底联或相关销售记录的复印件，并加盖公章以证明其真实性。
前往税务机关：
- 如经销商无法提供帮助，可携带身份证明、机动车登记证书、行驶证等车辆证明材料，前往当地税务机关申请开具相应的税务证明文件，如《丢失增值税专用发票已报税证明单》。
- 根据税务机关的要求，可能需要填写申请表格并缴纳必要税费。
重新开具发票：
- 在某些情况下，根据销售单位和税务机关的要求，可能需要机动车销售单位重新开具与原销售发票存根联内容一致的机动车销售发票。
四、其他注意事项
报案并登报声明：
- 在某些地区，为证明发票确实丢失且未用于非法用途，可能需要到公安机关报案，并在市级以上报刊刊登遗失声明。
保留相关证据：
- 整个过程中，务必保留好所有与购车交易相关的证据和文件，如银行转账记录、购车合同、车辆登记证书等。
咨询专业机构：
- 如在处理过程中遇到困难，可咨询专业的法律服务机构或会计师事务所，获取具体建议和帮助。
综上所述，卖二手车时汽车发票丢失并不会影响过户手续的办理，但需要及时采取行动来补办或找到替代方案。由于不同地区政策存在差异，建议车主在处理过程中多咨询、多了解，确保按照当地规定正确操作。