填写了专项扣除后工资仍被扣税，这其实是一个较为常见的情况，主要可能有以下几个原因：

1. 专项扣除额度有限：专项扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人以及3岁以下婴幼儿照护等七项。但每项扣除都有一定的额度限制，如果工资收入较高，即使扣除了这些专项，剩余部分仍可能超出免税额度，因此需要缴纳税款。

2. 累计预扣预缴制度：我国个人所得税采用的是累计预扣预缴制度。这意味着，在一个纳税年度内，随着收入的累计增加，税款也是累计计算的。因此，即使前期填写了专项扣除，但如果后期收入增加，累计应纳税所得额也会相应增加，从而导致需要缴纳更多的税款。

3. 其他扣除项目未考虑：除了专项扣除外，个人所得税还可以享受专项附加扣除、依法确定的其他扣除以及符合条件的公益慈善事业捐赠等扣除。如果仅考虑了专项扣除，而忽略了其他可能的扣除项目，那么实际应缴税额可能会比预期的高。

4. 计算方式或理解有误：有时候，可能是对税法规定或计算方式理解有误，导致认为填写了专项扣除后就不应该再缴税。实际上，税款的计算是一个相对复杂的过程，需要考虑多个因素和环节。

综上所述，填写了专项扣除后工资仍被扣税是可能的，也是合理的。如果对此有疑问或不确定如何计算税款，建议仔细查阅税法规定或咨询税务部门，也可以直接将问题告诉我，我会尽力为你解答。