商业用房的开票税率涉及多个税种和因素，以下是对各税种税率的详细解析：

一、增值税及附加税

1. 一般纳税人：

   • 出租的商铺若为2016年4月30日前取得，可选择简易计税方法，税率为5%。
   • 出租的商铺若为2016年5月1日后取得，且与机构所在地不在同一县（市），预征率为3%，之后向机构所在地主管税务机关进行纳税申报；若在同一县（市），则税率为9%。

2. 小规模纳税人：

   • 税率为5%。

3. 附加税：

   • 包括城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加，计税依据为实际缴纳的增值税税额。
   • 城市维护建设税税率根据所在地不同分为7%（市区）、5%（县城、镇）和1%（不在市区、县城或镇的）。
   • 教育费附加税率为3%。
   • 地方教育附加税率一般为2%。

二、房产税

• 对于商业用房（如商铺），依照房产租金收入计算缴纳的，税率为12%。

三、印花税

• 租赁商铺签订的租赁合同，按照租赁合同金额的千分之一缴纳印花税。税额不足1元的部分按1元贴花。

四、个人所得税（针对个人出租商铺）

• 个人出租房屋取得的租金收入应缴纳个人所得税，税率为20%。但对个人出租住房取得的所得暂减按10%的税率征收。
• 费用扣除标准：每次收入不超过4000元的，减除费用800元；4000元以上的，减除20%的费用，其余额为应纳税所得额。

五、企业所得税（针对企业出租商铺）

• 企业出租商铺取得的租金收入应计入企业应纳税所得额，按企业适用的税率缴纳企业所得税，一般税率为25%。
• 符合条件的小型微利企业可享受税收优惠政策。

六、其他可能涉及的税种

• 城镇土地使用税：根据土地的具体情况和所在地的政策而有所不同，某些情况下可能有减免或优惠政策。
• 土地增值税、营业税及附加税等也可能根据具体情况涉及。

综上所述，商业用房的开票税率涉及多个税种和因素，具体税率需根据纳税人的身份、房产的取得时间、租金收入的性质以及所在地区的具体税收政策来确定。因此，在实际操作中，建议纳税人咨询当地税务部门或专业的税务顾问，以获取最准确和权威的信息和建议。