当企业面临员工多次恶意申请劳动仲裁的情况时，可以采取以下措施来应对：

1. 积极收集并保存证据：

   • 发现员工有恶意仲裁的迹象时，企业应首先保持冷静，并立即着手收集相关证据。这些证据包括但不限于员工伪造劳动关系证明、虚构加班事实或其他恶意行为的相关材料。这些证据在后续处理中将发挥关键作用，有助于证明员工的恶意行为。

2. 详细研究仲裁申请：

   • 仔细分析员工提出的仲裁请求和理由，明确争议焦点，并判断其主张是否合理合法。对于不合理或缺乏事实依据的诉求，企业应准备有力的反驳观点和法律依据。

3. 积极参与仲裁过程：

   • 在仲裁过程中，企业要积极参与，按时提交答辩材料，并清晰阐述公司的立场和观点。结合收集到的证据，对员工的仲裁请求进行逐一回应，并指出其恶意之处。通过有力的抗辩，争取仲裁机构的理解和支持。

4. 若仲裁结果不利，及时提起诉讼：

   • 如果仲裁结果对企业不利，且企业认为仲裁存在错误或偏见，可以在法定时间内向法院提起诉讼。在诉讼过程中，企业应向法院详细说明情况，并提供充分的证据支持己方观点。通过司法途径来维护企业的合法权益，并纠正恶意仲裁带来的不公正结果。

5. 加强自身管理，预防类似情况再次发生：

   • 为避免类似情况再次发生，企业应加强自身管理，完善劳动合同、考勤记录、薪资发放等制度。通过规范化管理，减少员工恶意仲裁的可乘之机，从而有效维护企业的合法权益。

综上所述，面对员工多次恶意申请劳动仲裁的情况，企业应保持冷静、积极应对，并通过收集证据、研究仲裁申请、参与仲裁过程、提起诉讼以及加强自身管理等措施来维护自身的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。