不会，三千块的盗窃案经过检察院，一般不会直接罚款五六万。下面我来详细解释一下这个问题：

首先，我们要明确的是，盗窃案属于刑事案件，其处理流程通常包括侦查、起诉、审判等阶段。在检察院阶段，主要是进行案件的审查起诉，决定是否向法院提起公诉，而不是直接对犯罪嫌疑人进行罚款。

其次，关于罚款的问题，这通常是在法院审判阶段，根据被告人的犯罪情节、认罪态度、社会危害程度等因素，由法院依法作出的判决内容之一。而且，罚款的数额也会根据具体情况进行量刑，不会仅仅因为盗窃金额是三千块就直接罚款五六万。

最后，我要强调的是，每个案件都有其独特性和复杂性，具体的处理结果需要根据案件的实际情况来确定。如果你或者你身边的人遇到了类似的问题，建议尽快咨询专业的律师，以便得到更具体、更准确的法律建议和帮助。

所以，针对你的这个问题，我可以明确地告诉你，三千块的盗窃案经过检察院，一般不会直接罚款五六万。如果你还有其他疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。