劳动合同约定发生劳动争议由公司注册地管辖，该约定在一定条件下可能有效，但也可能因违反法律规定或增加劳动者维权成本而被认定为无效。

首先，从法律角度来看，《劳动争议调解仲裁法》第二十一条规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。这意味着，劳动合同履行地和用人单位所在地（包括注册地）原则上都有管辖权。然而，该法也规定，在双方分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的情况下，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。这体现了劳动合同履行地管辖优先的原则。

接下来，我们分析劳动合同中约定管辖的效力。如果劳动合同中约定了由公司注册地管辖，并且这一约定不违反级别管辖和地域管辖的原则，那么该约定在形式上是有效的。但是，需要注意的是，这种约定不能违反《劳动争议调解仲裁法》关于劳动合同履行地管辖优先的规定。如果约定导致劳动者需要长途跋涉去公司注册地申请仲裁，从而大大增加其维权成本，那么这种约定有可能被认定为无效。

在实际操作中，如果劳动合同中约定了由公司注册地管辖，并且劳动者对此提出了异议，仲裁机构或法院会根据具体情况来判断该约定的效力。如果认为约定违反了法律规定或增加了劳动者维权成本，那么会倾向于认定约定无效，并按照法定管辖原则来处理劳动争议。

因此，我建议在签订劳动合同时，双方应充分考虑劳动争议管辖的问题，尽量约定由劳动合同履行地或双方都能接受的其他地点管辖，以避免因管辖问题而引发不必要的争议和纠纷。如果已经签订了包含管辖约定的劳动合同，并且在实际中遇到了管辖争议，那么劳动者可以及时向当地的劳动争议仲裁委员会或法院咨询并寻求帮助。

总之，劳动合同约定发生劳动争议由公司注册地管辖的效力并不是绝对的，而是需要根据具体情况来判断。在处理这类问题时，应充分考虑法律规定、劳动者权益以及实际操作的可行性等因素。