针对“超载车辆被交警扣了司机跑了怎么处理”这一问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，对于超载车辆，交警会根据超载的严重程度进行不同的处理。根据相关规定，超载车辆可能会面临以下处罚：
- 轻微超限（超限比例≤5%）：执法人员会对其进行教育放行，免予登记、强制卸货、赔偿损失和罚款。
- 较轻超限（5%<超限比例≤20%）：需要登记并责令自行卸货、分载，同时缴纳公路补偿费。此时不会进行罚款和扣分，但会进行警告教育。
- 严重超限（超限比例>20%）：将面临强制卸货、缴纳补偿费，并根据超限程度进行相应的处罚。情节严重者，执法人员可能会建议交通警察机关扣留驾驶证分数。
若超载车辆的司机在车辆被扣后逃跑，交警部门会采取以下措施：
- 现场处理：交警会在事发现场采集相关图片信息，作为证据保存，并将肇事车辆依法牵引至指定停车地点。
- 案件记录：以书面形式详述案件实际情况，包括车辆信息、超载情况、司机逃逸情况等。
- 后续追查：交警部门会根据车辆信息、监控录像等手段尽量找到逃逸的司机。一旦找到，司机将面临相应的法律责任，包括但不限于罚款、扣分、行政拘留等。
- 法律处罚：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，司机因违反交通法规而导致交通驾照被吊销或暂扣期间仍然驾驶机动车，或者造成交通事故后逃逸（尚不构成犯罪）的，将面临由当地公安机关交通管理部门处以200元至2000元不等的罚款处罚。情节严重者还可能被处以15日内的行政拘留处罚。
综上所述，超载车辆被交警扣后司机逃跑是一个严重的违法行为。司机不仅面临车辆被扣的风险，还可能因为逃逸行为而承担更严重的法律责任。因此，建议司机在面临交警检查时，应积极配合处理，避免不必要的法律后果。