面对公司员工不配合工伤认定的情况，公司可采取以下措施来应对：

一、核心结论

公司应首先通过积极沟通消除员工顾虑，提供政策解释和指导；若沟通无效，可保留证据并自行申请工伤认定；在必要时，寻求法律途径解决争议，同时始终确保行为合法合规。

二、详细措施

1. 积极沟通解释

   • 与员工及其家属进行深入沟通，了解不配合的具体原因，详细解释工伤认定的意义、流程以及对员工权益的保障作用，如医疗费用报销、停工留薪期工资、伤残津贴等，消除员工的误解和顾虑。

2. 提供政策指导与协助

   • 向员工提供《工伤保险条例》等相关的法律法规、政策文件，或邀请专业人士进行讲解，帮助员工理解工伤认定的重要性。
   • 如果员工因手续繁琐或材料准备困难而不配合，公司应安排专人协助准备所需材料，如劳动合同、医疗诊断证明等，帮助员工完成工伤认定申请。

3. 书面通知与保留证据

   • 若员工仍不配合，公司可发出书面通知，明确告知其应配合进行工伤认定，否则可能影响自身权益，并保留好相关证据，如聊天记录、书面通知、会议纪要等。
   • 在规定时间内，公司可自行向劳动保障行政部门提交工伤认定申请，并准备充分的申请材料。

4. 依法处理与寻求法律途径

   • 若员工的不配合行为严重影响了工伤认定的进程，公司可向工伤认定机构书面说明情况，请求其依职权调查核实。
   • 必要时，公司可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护公司的合法权益。

5. 注意合规性与特殊情况

   • 在整个过程中，公司应严格遵循《工伤保险条例》及其他相关法律法规的规定，确保自身行为合法合规。
   • 对于员工可能存在的特殊情况，如心理抵触、担心鉴定结果不利等，公司应耐心倾听并提供解决方案，避免因处理不当而导致不必要的法律纠纷。

综上所述，公司在面对员工不配合工伤认定的情况时，应采取全面、细致且合法的措施来应对。通过积极沟通、提供协助、保留证据、寻求法律途径以及注意合规性和特殊情况的处理，既能有效保障员工的合法权益，也能维护公司的正常管理秩序和合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。