拘留三个月是否会留下案底，主要取决于拘留的性质以及后续是否有法院判决确认有罪。
行政拘留：
- 性质与期限：行政拘留是一种行政处罚措施，不属于刑事处罚，其期限通常较短，不太可能出现“拘留三个月”的行政拘留情况。但若存在多次合并执行或特殊情况，也可能达到或接近三个月。
- 记录影响：行政拘留会在公安机关内部系统留下记录，但这并不构成刑事意义上的“案底”。这些记录对个人生活、就业等方面的影响相对较小，但在某些特定情况下，如再次因类似行为被查处时，可能会被作为参考。
刑事拘留：
- 性质与期限：刑事拘留是刑事诉讼过程中的一种强制措施，用于对涉嫌犯罪的犯罪嫌疑人进行暂时性的羁押。刑事拘留的期限可能较长，包括侦查阶段、审查起诉阶段和审判阶段，总共可能达到或超过三个月。
- 记录影响：若刑事拘留后，经法院判决确认有罪，那么个人就会留下刑事犯罪记录，即通常所说的“案底”。这将对个人的就业、参军、报考公务员等方面产生严重影响，并可能伴随终身。
总结：
- 如果拘留是行政拘留，且没有后续法院判决确认有罪，那么通常不会留下刑事意义上的案底。
- 如果拘留是刑事拘留，并且后续有法院判决确认有罪，那么就会留下刑事犯罪记录，即案底。
因此，在回答“扣留3个月会有案底吗”这个问题时，需要明确拘留的性质以及是否有后续的法院判决。如果有具体的法律疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。