有发票是可以用现金付款的。在经济交易中，开具发票后选择现金作为支付方式是合法的。无论是增值税普通发票还是增值税专用发票，法律上并未规定开具发票后不能接受现金付款。然而，在实际操作中，需要注意以下几点以确保交易的合规性和安全性：
真实性与合理性：现金交易应符合商业常理，特别是大额现金交易，应有合理的商业解释，并准备好相关证明材料以应对可能的税务核查或审计。
证据留存：为确保交易的真实性和完整性，建议妥善保存所有与现金交易相关的证据，如收款收据、交易合同、交付凭证、发票等。这些证据在后续可能出现的纠纷或税务检查中将起到关键作用。
税务合规：企业需将现金收入依法如实申报纳税，避免隐瞒收入导致的税务风险。同时，应确保收到的现金与发票上注明的金额一致，以保持账务的清晰和准确。
支付方式的选择：虽然法律不限制支付方式，但对于大额交易或涉及增值税专用发票的结算，建议使用银行存款等更为稳妥的支付方式。这不仅有助于符合财务制度和税务管理的要求，还能降低潜在的财务风险和法律风险。
了解“三流一致”原则：在涉及增值税专用发票的交易中，应确保发票流、货物（或服务）流、资金流的一致性。然而，这并不意味着所有交易都必须通过银行转账进行。对于某些小额交易或特殊情况下的现金交易，只要交易真实、合规，并妥善保留了相关证据，就不会违反“三流一致”的原则。
综上所述，有发票是可以用现金付款的，但在实际操作中应严格遵守相关法律法规和税务规定，确保交易的真实性和合理性，并妥善保留相关证据以降低潜在风险。