当抖音店铺已发货但顾客申请仅退款时，商家需要综合考虑多种因素来妥善处理。以下是一些建议来帮助您应对这种情况：

一、了解平台规则与售后时间限制

首先，商家应熟悉抖音电商平台关于已发货仅退款的相关规则和政策。这包括不同类目商品和退款原因的处理流程、判定标准以及售后处理的时间节点。例如，因商品质量问题导致的退款，平台通常支持买家；而买家因个人喜好申请的退款，则需商家根据具体情况来判断。同时，商家应确保在规定的售后处理时间内响应买家的退款申请，避免因超时导致被动接受退款要求。

二、与买家沟通与协商

1. 及时了解退款原因：收到退款申请后，商家应迅速与买家取得联系，了解其申请退款的具体原因。这可以通过平台消息系统、电话或其他联系方式进行。

2. 核实物流信息：商家需检查订单的物流状态，确认商品是否已发出、在途或已被签收。若商品仍在运输途中，可与买家协商是继续等待收货还是进行拦截退回。

3. 协商解决方案：根据买家提出的问题和物流状态，商家应与买家积极协商解决方案。例如，对于小瑕疵问题，可以提出补偿措施（如部分退款、赠送优惠券等）；对于坚持退款的买家，需进一步了解其是否愿意退回商品，并协商退货方式和退款时间。

三、合理评估与处理退款请求

1. 合理退款情形：

   • 如果商品确实存在质量问题或商家发错货，商家应按照平台规则和协商结果及时办理退款，并记录处理情况。
   • 对于买家因个人原因（如不喜欢、尺码不对等）申请的退款，商家可以与买家协商退货退款，并承担相应的运费。

2. 不合理退款情形：

   • 如果买家无正当理由申请退款（如恶意退款、想白嫖等），商家可以拒绝并说明原因及依据的平台规则。同时，保留沟通记录以备后续处理。
   • 对于涉嫌恶意退款的买家，商家可以收集证据并向平台申诉，请求介入调查和处理。

四、平台介入与接受处理结果

如果买家申请平台介入，商家应积极配合提供相关证据和资料，如质检报告、发货凭证、物流签收记录等。同时，商家应尊重并接受平台的处理结果。如有异议，可以在规定时间内按申诉流程进行申诉。

五、退款操作与后续跟进

1. 准确操作退款：在抖店后台准确操作退款给买家，注明退款原因和时间，及时更新订单状态以避免纠纷。

2. 跟进退款事宜：退款完成后，与买家沟通确认退款到账情况，询问其对处理结果的满意度，并积极解决可能产生的额外问题（如退货商品的处置）。

六、总结与预防

最后，商家应对退款事件进行总结分析，找出退款原因以改进商品质量和服务水平。同时，加强售后服务体系的建设，提高客户满意度和忠诚度，减少类似纠纷的发生。

综上所述，处理抖音店铺已发货仅退款的情况需要商家综合考虑平台规则、买家需求、退款原因等多种因素。通过积极沟通、协商解决方案、合理评估与处理退款请求以及跟进后续事宜等措施，商家可以有效地应对这种情况并减少纠纷的发生。