您好，发现车辆被套牌并有违章记录，这是一个比较常见但也需要及时处理的问题。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：
一、立即报案
首先，您需要及时向公安机关交通管理部门报案，说明您的车辆被套牌，并提供了相关的证据材料。报案时，请准备好以下材料：
- 机动车所有人的身份证明（车主本人的身份证或者车属单位证明文件）、驾驶证，需要验原件并收复印件。
- 涉嫌被套牌机动车的行驶证、车辆登记证，同样需要验原件并收复印件。
- 如果可能，带上涉嫌被套牌的车辆本身，以便交警进行核实。
- 书面报案材料，详细载明涉嫌被套牌机动车的基本情况，包括车辆的违法时间、违法地点、违法行为等，以及其他能够证明车辆涉嫌被套牌的证据材料。
- 机动车近期正面彩照，前、后、左、右各1张。
如果您不是机动车所有人，还需要同时提交受托人的身份证明和书面委托说明。
二、等待核实与处理
交管部门在收到您的报案后，会进行核实。如果确认您的车辆确实被套牌，并且相关违章记录并非您本人所为，交管部门会撤销相关处罚，并消除违章记录。
三、注意事项
- 及时处理：发现被套牌后，应尽快报案处理，避免因为拖延而导致更多的麻烦和损失。
- 保留证据：在报案前，请确保您已经收集了足够的证据来证明您的车辆被套牌，这些证据将对后续的处理过程起到关键作用。
- 防范未然：为了避免车辆被套牌，建议您定期检查车辆信息，注意保管好车辆相关证件，并尽量避免将车辆停放在不安全的地方。
四、后续措施
如果您的车辆被套牌的情况比较严重，或者您担心未来还会再次被套牌，可以考虑采取以下措施：
- 更换车牌：在交管部门的建议下，您可以考虑更换车牌，以降低被套牌的风险。
- 加强监控：如果您的车辆配备了车载监控设备，可以加强监控，及时发现并记录下任何可疑行为。
总之，发现车辆被套牌并有违章记录后，不要慌张，按照上述步骤进行处理即可。同时，也要加强防范意识，避免未来再次遭遇类似问题。希望这些建议能对您有所帮助。