当您发现自己的车辆被套牌并产生了违章记录时，可以按照以下步骤处理：

一、立即报案

首先，您需要尽快向当地的公安机关交通管理部门提出报案，说明您的车辆被套牌的情况，并提供相关证据，如车辆行驶证、车辆照片、报案记录等。报案的目的是为了让交管部门了解您的车辆被套牌的事实，并为后续的调查和处理提供依据。

二、配合调查

在报案后，交管部门将会对您的案件进行调查。在调查过程中，您可能需要提供进一步的证据或信息，如车辆使用记录、停车记录等。请积极配合交管部门的调查工作，以便尽快查明真相。

三、申请撤销处罚

如果经过核实，确认您的车辆被套牌，并且套牌车辆在违章期间产生的违章记录与您的车辆无关，那么您可以向交管部门申请撤销相关处罚。交管部门在核实情况后，会依法为您消除相关违章记录。

四、加强防范

为了避免再次被套牌，您需要加强对自己车辆的防范和管理。例如，定期查看车辆违章记录，及时发现并处理异常记录；在车辆上安装防盗螺丝、GPS定位系统等防盗设备，增加套牌难度；注意保管好车辆相关证件和钥匙，避免丢失或被盗用。

此外，如果您发现套牌车辆的相关信息或线索，也可以及时向交管部门举报，以便交管部门能够及时查处套牌车辆，维护交通秩序和您的合法权益。

总之，处理套牌车违章需要您积极配合交管部门的工作，提供充分的证据和信息，并加强对自己车辆的防范和管理。同时，也提醒您注意遵守交通法规，确保行车安全。