货运代理企业在特定情况下是可以开具增值税免税的专票的，但具体需根据提供的服务内容和相关税收法规来确定。

首先，根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件三的规定，纳税人提供的直接或者间接国际货物运输代理服务是免征增值税的。这意味着，如果货运代理企业提供的是国际货物运输代理服务，并且符合该规定中的条件，那么其向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入可以免征增值税，并据此开具免税发票。

然而，需要注意的是，免税发票的开具并不等同于可以开具增值税专用发票。一般情况下，免征增值税的项目是不允许开具增值税专用发票的，而是应该开具增值税普通发票。对于国际货物运输代理服务，当委托方索取发票时，纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票，而不是增值税专用发票。

此外，如果货运代理企业提供的服务不完全符合国际货物运输代理服务的定义或者包含了其他应税服务，那么其收入可能就需要按照相关规定缴纳增值税，并据此开具相应的增值税专用发票或普通发票。

综上所述，货运代理企业是否可以开具增值税免税的专票取决于其提供的服务内容和相关税收法规的具体规定。在实际操作中，建议货运代理企业咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保其发票开具的合规性和准确性。